Лента снималась шесть лет. Съемочный процесс оброс легендами. Исполнитель главной роли Леонид Ярмольник чуть не отказался от участия в съёмках, а пресса стала выражать сомнения в том, что картина вообще когда-нибудь будет снята. И вот наконец сам Герман объявил о том, что съёмки завершены. В последний день сняли одну из первых сцен фильма.
Режиссер полагает, что еще год уйдет на монтаж и озвучивание. Окончание работы совпадет с юбилеем мастера, которому в июле 2008 года исполнится 70 лет.
Начались съёмки в Чехии весной 2000 года. Средневековую натуру нашли и недалеко от Петербурга в Выборге, и в Чехии. Всё остальное построили в павильонах «Ленфильма». Последняя снятая сцена разворачивается внутри перевёрнутой баржи. Объект «пыточная», где ещё три месяца назад снимались самые жуткие кадры картины, из суеверия не стали разбирать до самого последнего дня.
Все материалы будущего фильма режиссер показал Петру Вайлю, заведующему Русским отделом радио «Liberty», эссеисту, проживающему в Праге, которого в Нью-Йорке хорошо знают по его книгам. В разговоре с Петром Вайлем Алексей Герман сказал : “Это картина про нас. Оказалось, что «Трудно быть богом» сейчас гораздо актуальнее, чем тогда. Богом быть невероятно трудно. Ничего не получилось у Ельцина. Я убежден, что он не был таким дурным человеком, как рассказывают. Ничего не получится ни у какого Явлинского. Почти невозможное дело быть богом, и что ты с этим сделаешь? Все поворачивается поперек, кровью, какой-то глупостью. Ничего не остается, кроме того, что взять мечи и начать рубить головы. У нас в финале есть фраза, что у этих страшных монахов, которые высадились, вырезали, повесили, посадили на кол все, что можно, - у них все получается, понимаешь? Те порт не могли построить. А эти построили. Колы понаставили, но порт построили”.
Петр Вайль называет картину мощной и сравнивает впечатление от нее с землятресением. «Канва повести, - пишет он, - соблюдена, даже не канва, а сюжет сохранен - все основные герои, главные эпизоды. Но то, что картина снимается на четыре десятилетия позже, чем писалась книга, - фактор определяющий. Книгу сочиняли авторы, опасавшиеся крушения последних иллюзий, предупреждавшие: “Там, где правят “серые”, к власти всегда приходят “черные”. Фильм снимает автор, у которого решительно никаких иллюзий не осталось».
Дальнейшие планы Алексея Германа связаны с литературной деятельностью, поскольку у него уже есть предварительные договоренности с издательством.